造成會計數據可比性差的原因主要是企業對會計政策與方法的選擇。按照會計準則和會計制度的規定，允許企業在規定的範圍内結合自身生産經營特點選擇會計政策和具體會計核算方法。例如，對于固定資産折舊，可以采用直線法計提，也可以采用其他方法計提；即使對固定資産采用直線法計提折舊，不同企業對資産的使用年限、預計殘值等判斷不一緻，也會導緻數據失去可比性。再如，按照規定，企業存貨可采用不同的計價方法，如加權平均、先進先出法等，不同的方法将會得到不同的結果，從而使由此産生的有關分析指标失去可比性。
造成會計數據可比性差另一原因主要是财務報表舞弊。财務報表舞弊，就是企業管理當局采用編造、變造、僞造等手法編制财務報表，操縱企業真實财務狀況、經營成果與現金流量的行爲。大多數企業對财務報表進行舞弊，往往出于獲得借款、減少納稅、政治任務、股票發行和上市、隐瞞違法行爲、推卸責任等目的，并且已經發展成爲了一種嚴重的社會現象。這些舞弊行爲通常有以非經常性業務利潤來掩飾主營業務利潤的不足或虧損狀況，将收益性支出或期間費用資本化以高估利潤，以關聯交易方式“改善”經營業績，通過企業兼并“增加”利潤，通過内部往來資金粉飾現金流量等。
比如，目前有相當多的上市公司的資産重組與關聯交易是不公允的。如果企業的營業收和利潤主要來源于關聯企業，财務分析人員就應當特别關注關聯交易的定價政策，分析企業是否以不等價交換的方式與關聯企業發生交易，從而進行了會計報表粉飾。對于資産重組與關聯交易形成的投資收益更要當心，很可能有的公司利用不等價交換的方式來粉飾财務報表。
由于以上兩方面原因，财務報表數據表現出一定的局限性。對于制度性因素導緻的數據可靠性問題，财務分析人員可以采用一些補充分析方法，從多角度考察某項特定财務指标，減小其不确定性；對于财務報表舞弊，債權人、投資者等财務分析主體要追加一定程序對報表舞弊進行識别。這些分析通常有以下幾個方面：
（1） 審計意見分析。我國用于公布目的的财務報表一般都需要經過注冊會計師的審計，如果審計報告表示有保留意見、否定意見或根本拒絕發表意見，那麽企業的财務報表可信度就大爲降低，大大影響财務分析結果的準确性。雖然審計報告不能發現報表中可能存在全部錯誤和舞弊，但是能夠爲報表的真實性和可靠性提供合理的保證。
（2） 毛利率分析。毛利率是主營業務收入減去主營業務成本之後的差額除以主營業務收入，同行業中毛利率具有平均化的趨勢。在商業企業、金融業、房地産開發業、軟件業等行業更爲明顯，綜合類行業的毛利率則較難把握。如果一家上市公司的主營業務毛利率與行業平均水平相關太大，就有可能在造假。如果其毛利率大大高于行業數，則意味着其收入是虛構的。反之，收入被隐瞞。
（3） 稅項分析。若一家企業的應交稅金數額特别大，則欠稅很可能是虛構的。其造假手法往往就是虛開發票。根據“應交稅金期末餘額=應交稅金期初餘額+本期計提稅額－本期繳納稅額”與實際期末欠稅額進行比較，若兩者相差較大，則該企業的造假确定無疑。反之，若實際稅負非常低，與其主營業務收難以配比，則其收入和利潤都可能是虛構的。
（4） 表外籌資監管分析。表外籌資是企業在資産負債表中未予反映的籌資行爲。它通過租賃、産品籌資協議、出售有追索權的應收賬款、代銷商品、來料加工、應收票據貼現等方式籌集資金，而無須反映在資産負債表中，從而使企業在獲得借入資金的同時，不改變資産和負債現狀。表外籌資将企業真實負債隐蔽起來，它可以保持會計法規要求的資産負債率，規避了會計制度和公認會計慣例的限制。但這種籌資方式實際上是負債行爲，長期、巨額的隐性債務将會造成企業負債的惡性循環，使其陷入無法自拔的财務困境，伴有很大的風險，應用不當将給企業帶來損失。此外，由于表外籌資的隐蔽性和風險性使報表的信息缺乏完整性和真實性，對信息使用者構成潛在的風險。因此，财務分析人員必須認真分析表外籌資，實行有效監督，以維護企業外部關系人的利益。
财務分析人員應該清醒地認識到财務報表數據的局限性，在财務分析中采用一定的方法淨化财務報表或調整财務評價标準，剔除由于會計技術和舞弊等因素造成的财務數據不可靠所帶來的影響。這樣才能爲财務分析提供準确可靠的依據，做出的财務分析結果才能幫助财務分析主體做出正确的決策。